El Programa de Investigación Clínica, evalúa los fármacos más novedosos en el tratamiento del cáncer y ofrece tratamientos gratuitos a los pacientes que cumplen con los criterios de inclusión. Los  estudios de investigación deben ser aprobados previamente por los Comités de Etica e Investigación de CEPREC. Estos son órganos de asesoría del Centro para analizar y evaluar la aplicación de los programas de docencia e investigación médica y paramédica, y para supervisar y validar protocolos de investigación de acuerdo a lo estipulado en  la Ley General de Salud.  

Pacientes con cáncer de cérvix y cáncer de mama han sido beneficiadas previamente por este programa, y a partir de enero del 2006,  aquellos pacientes con cáncer de pulmón y cáncer medular de tiroides.
Una descripción de CEPREC ha sido publicada en la revista Onkologie (2004:27;211),

Un resumen de nuestra experiencia en el tratamiento del cáncer de cérvix se publicó en la revista Journal of Clinical Oncology (2005:23:16S;5173)